Дальний перехватчик МиГ-31 послужил основой для множества модификаций. В 1995 г. на 41-м международном авиасалоне в Ле Бурже АНПК «МИГ» представило проект еще одной модификации МиГ-31 - многоцелевого фронтового истребителя МиГ-31ФЭ с доработанной системой вооружения и новым оборудованием. Такой самолет должен принимать на борт большинство находящихся сейчас в эксплуатации в ВВС России управляемых ракет класса «воздух-поверхность». Основным средством поражения наземных радиолокационных станций должны стать ракеты Х-31П и Х-25МП, надводных морских целей - противокорабельные ракеты Х-31А с активной радиолокационной головкой самонаведения. Тактическое управляемое вооружение класса «воздух-поверхность» должно включать 2 ракеты Х-59М или 3 Х-59 с телевизионно-командной системой наведения или три более легких Х-29Л/Т. Вместо ракет на самолет можно подвешивать корректируемые авиабомбы: 3 КАБ-1500Л/ТК (с лазерным/ телевизионным наведением) или 8 КАБ-500Кр. Лазерно-телевизионная аппаратура системы управления оружием класса «воздух-поверхность» будет размещаться в подвесном контейнере. Максимальная масса боевой нагрузки должна составить 9000 кг (6 бомб ФАБ-1500С).
Для поражения воздушных целей на МиГ-31ФЭ сохраняется радиолокационная станция «Заслон», ракеты большой дальности Р-33, ракеты средней дальности РВВ-АЕ и ракеты ближнего боя Р-73. Радиолокатор перехватчика «Заслон» усовершенствован до уровня «Заслон М» и может одновременно обнаруживать 24 воздушных цели, в том числе движущиеся со скоростью M=5, а также действовать в режиме картографирования земной поверхности. В смешанном варианте вооружения МиГ-31ФЭ принимает на борт средства поражения обоих классов (например, четыре Х-31 и четыре РВВ-АЕ), при этом оружие «воздух-поверхность» размещается под фюзеляжем, а «воздух-воздух» - под крылом. По компоновке, конструкции и силовой установке МиГ-31ФЭ практически не отличается от серийного перехватчика МиГ-31. Максимальная взлетная масса МиГ-31ФЭ возросла до 50 т; дальность полета на дозвуковом режиме составляет 2500 км (с подвесными баками - 3000 км), на сверхзвуковом режиме - 1200 км. По желанию заказчика на самолете могут устанавливаться и интегрироваться с российскими системами образцы вооружения и оборудования западного производства.
Машина, как полагают специалисты, имеет неплохой экспортный потенциал. Возможными покупателями могут выступить Ливия, Ирак (при соответствующем изменении отношения к нему международного сообщества), Китай, Алжир и другие традиционно ориентированные на советскую авиатехнику страны. Тем более, что странная война в Югославии со всей очевидностью показала, что в конфликтах подобного рода выигрывает не сверхманевренный самолет, а тот, кто дальше видит и чья дубина длиннее.
Именно опыт Югославской войны показал, что за МиГ-31 - экспортный потенциал. Китай, например, выбрав несколько лет назад маневренный Су-27, теперь снова обращает внимание на МиГ-31. Более того, машина, созданная с прицелом на экспорт, привлекла внимание российских ВВС и большинство МиГ-31 будут модернизированы в МиГ-31БМ.