МиГ-29С - модернизированная версия истребителя МиГ-29.  Уже в ходе подготовки к серийному выпуску МиГ-29 появились требования по расширению возможностей для ведения радиоэлектронной борьбы. Вероятно в 1984 г. (по. данным Р. А. Белякова облёт выполнил В.Н. Горбунов уже 23.12.1980 г.), взлетел сильно засекреченный прототип в рамках "программы 9", под обозначением "изделие 7". Он был оснащён системой активной постановки помех "Гардения 1". Система размещалась в увеличенном отсеке за кабиной. При этом на самолёте образовался характерный выступающий увеличенный гаргрот. Далее, прямо в этих местах был доработан механизм управления самолётом и топливные магистрали. Объём фюзеляжного бака №1 был увеличен на 130 л., и воздухозаборник наддува баков был перенесён на правую сторону фюзеляжа. На самолёте были доработаны законцовки консолей крыла и задние части "ласт" фюзеляжа. В законцовки "ласт" были встроены антенны системы постановки  помех. Конструктивные изменения коснулись и килей. На их внутренние стороны были перенесены из  законцовок крыла антенны системы предупреждения об атаке сзади. Новинкой являлось применение дополнительных подкрыльевых топливных баков для значительного увеличения дальности полёта. На Западе узнали о версии "9-13" где-то в 1987 г., она получила обозначение "Fulcrum C". Но расширенное её спецоборудование удавалось скрывать и в дальнейшем.
Тринадцатого февраля 1985 г. впервые взлетел прототип, доработанный в вариант "9-14". На нем изучалась возможность расширения боевых способностей при атаках наземных целей. Самолёт мог нести специальный контейнер для наведения управляемого вооружения класса "воздух-поверхность". Но сложность такой доработки, а также ограниченный ассортимент вооружений для атак наземных целей ВВС не устроили, и этот самолет (бортовой голубой номер "407") был в 1986 г. использован для установки модернизированной системы вооружения и "обозначен "9-13С". "Противоназемный" арсенал в дальнейшем успешно применили в программе "9-15", которая перешла в многоцелевой МиГ-29М.
Самолет "9-13С" был оснащён новой системой управления стрельбой СОУ-29М4, сопряженной с бортовым компьютером Ц-101М, что позволяло более эффективно вести огонь по воздушным и наземным целям. Радиолокационный прицел Н-019М "Топаз" способен наводить ракеты с полуактивной ГСН одновременно по двум целям. Система приспособлена и для новых активно управляемых ракет РВВ-АЕ (Р-77). Эта новая система вооружения предлагается с 1992 г. к установке на самолеты вариантов 9-12 и 9-13.
Основной задачей МиГ-29 является ПВО небольших территорий, важных объектов и войсковых групп. При этом предполагается следующая тактика применения против воздушных целей:
Станции наземных РЛС, размещенные в 10-15 км от линии фронта (линии боевого соприкосновения) гарантируют РЛ-контролъ на расстоянии почти 250 км за самолетами противника на высотах более 10000 м. и 20-40 км за низколетящими целями.МиГ-29 взлетает в дежурном режиме с аэродрома, расположенного ~ 100 км от линии фронта в течении 8 мин (max), к цели его наводят с помощью скрытого переноса дат автоматически из командного пункта (КП).Воздушные цели (ВЦ), летящие на высотах 20000-23000 м. со скоростью до 2000 км/ч и на высотах 10000-20000 м. со скоростью до 2500 км/ч он может уничтожать еще до их подхода к линии фронта. МиГ-29 при экономичном режиме набора высоты способен уничтожать быстроходные стратосферные ВЦ на расстоянии 240-230 км; а при полёте с полным форсажным режимом - на расстоянии 170-180 км от аэродрома взлета. На средних высотах истребитель наводят до высоты цели, для перехвата ВЦ, летящих на высотах 20000-23000 м, его наводят до высоты 16000-17000 м. Если МиГ-29 действует против маловысотной ВЦ, то до рубежа перехвата он летит на 12000-12500 м. Затем он переходит на высоту 3500-4000 м, на которой обеспечивается самая стабильная работа бортового РЛПК, и имеется возможность выполнения требуемого вертикального маневра. Истребитель наводится в переднюю полусферу ВЦ. Если первая атака не удаётся, МиГ выполняет маневр для занятия позиции для повторной атаки.
К недостаткам МиГ-29 относятся низкий межремонтный ресурс (350-400 часов) двигателя РД-33. (В последних сериях он увеличен до 700 часов). Ресурс же двигателя F.100-PW-229 достигает 2000 часов, а F.110-GE100 - 1500 часов. Значительно более высокий ресурс американских двигателей объясняется принципиально другим подходом к плановым ремонтам (по техническому состоянию, а не по количеству отработанных часов, как в России). Такой подход требует высочайшей квалификации обслуживающего персонала и качественно более высокой степени диагностики отказов прямо в авиачастях. Этот метод позволяет проводить сравнительно простую замену деталей, работающих в наиболее напряжённых режимах в зависимости от их износа. Впрочем, русские самолёты должны находиться в строю всегда, (даже и с менее квалифицированным техобслуживанием). Поэтому диагностика и ремонт двигателей выполняются только на специализированных рембазах.

Модификации самолета:
МиГ-29СЕ - расширены возможности системы вооружения: увеличена масса и ассортимент подвесок, увеличена дальность, доработаны управление и системы контроля, увеличен ресурс планера и двигателей.
МиГ-29СД - модернизация ранее выпущенных самолётов под стандарт МиГ-29С.
МиГ-29СМ - многоцелевой самолёт. Возможности системы вооружения расширены за счёт применения УР "воздух-земля". Новая РЛС.